3D ultrazvuk u ginekologiji se primenjuje za analizu morfologije genitalnih organa. Njegova primena omogućava neinvazivnu dijagnostiku urođenih anomalija materice, analizu promena u šupljini materice ili analizu tumora na genitalnim organima.
Za precizno odredjivanje tipa anomalije koristi se posebna tehnika koja se zove TUI (Tomographic Ultrasound Imaging) i Omniview gde se struktura genitalnih organa analizira na serijskim presecima od po 0,5 mm, slično kao na skeneru ili magnetnoj rezonanci.
3D kolor Doppler ultrazvuk se primenjuje i za otkrivanje i ispitivanje tumora na genitalnim organima.
Pored analize morfologije, ispituju se i krvni sudovi u samom tumoru i na taj način procenjuje rizik za malignitet.